2006年12月3日、『第三期AKB48追加メンバーオーディション』に合格。 2007年4月8日から旧チームBとして公演。「ロマンス、イラネ」で初めて選抜メンバーになるなど、柏木由紀、渡辺麻友らと共に旧チームBの主力として活動する。公式サイト上でのニックネームは、「あやりん」または「きくじ」「きくぢ」。本人は「きくじ」ではなく「あやりん」と呼んでほしいとステージ上で度々発言していた。2008年7月末、菊地とある交際男性とのツーショットのプリクラがインターネット上に流出、翌月の公演を全休するなど、事実上の出演停止状態に入り、「AKB48のメンバーとしての自覚に欠けた軽率な行動を取った」として8月15日付で解雇が発表された。同時に同年6月から所属していたプロダクション尾木からも契約解除が発表された(2010年3月1日付で再契約)。解雇が噂されていた8月13日には東京スポーツが、8月14日には九州スポーツが写真・実名入りで解雇を報道した。AKB48公式モバイルサイト内の待ち受け画面や着ボイスなど関連コンテンツは全て削除されたが、ナップスターで配信された「Baby! Baby! Baby!」のメイキング映像は残された。2008年11月の『AKB48 第四回研究生(7期生)オーディション』に合格し、12月20日に行われたコンサートにおいて研究生として復帰した。2009年1月18日公式ブログにおいて、正式に復帰が発表された。その際、名前を「菊地あやか」へと改名している。AKB48で芸名を用いて活動するのは、チームAの仲川遥香(本名:中川遥香)[要出典]、中田ちさと(本名:中田千智)、チームBの渡辺麻友(本名:渡邊麻友)[要出典]、元研究生の片野友里恵(本名:片野友理恵)[要出典]に続いて5人目。